被扣1000多工资是否合法？

不合法。依据《劳动法》，公司不能因漏打卡扣工资，这属于侵犯劳动者权益。若不及时处理，可能导致员工权益持续受损，引发劳动争议。
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不合法。处理方式：1.与公司沟通，说明情况，要求恢复被扣工资；2.若沟通无果，收集证据，如出勤记录、工资条等；3.向人社局劳动监察大队投诉，提交证据，请求调查处理；4.必要时，可寻求法律援助，提起诉讼。
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常见处理方式为与公司协商或投诉。可先与公司沟通解决，若协商无果，则向人社局劳动监察大队投诉，以维护自身权益。
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不合法。按照《劳动法》规定，公司无权因漏打卡而扣减员工工资，此行为构成对劳动者合法权益的侵犯。若不及时采取措施，可能会让员工面临持续性的权益损害，并可能引发不必要的劳动争议。
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若与公司协商无果，你可以考虑向人社局劳动监察大队进行投诉，并提交你所收集的证据，请求其进行调查处理。在必要时，你还可以寻求专业的法律援助，甚至通过法律途径提起诉讼，以坚决维护自己的合法权益。
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对于此类情况，你可以首先尝试与公司进行协商，明确表达你的立场，要求公司恢复被扣的工资。如果协商未能达成一致，接下来应着手收集相关证据，包括你的出勤记录、工资条等，以备后续维权之需。